Gonzerath gehörte seit seiner Gründung zur Pfarrei Bischofsdhron. Bischofsdhron ist eine der ältesten Pfarreien des vorderen Hunsrückes. Seine Bedeutung verdankte es besonders der Burg Baldenau, welche Kurfürst Balduin dort in der Nähe errichtet hatte. Im Jahre 1315 wurden in einer Urkunde mit dem "Stifte Pfalzel" als Filialen von Bischofsdhron erwähnt: die Kirchen von Morbach, Heinzerath, und Gonzerath wozu noch später Hundheim, Wederath und Rapperath traten.
Im Jahre 1374 wurde ein Hilfsgottesdienst in Gonzerath eingerichtet. In dem selben Jahr wurde eine Kapelle in Gonzerath erwähnt. Im Jahr 1716 wurde die erste Kirche (auf der Stelle der heutigen Kirche) erbaut. Im Jahr 1773 erhielten die Filialen Morbach, Rapperath, Gonzerath, Wederath und Heinzerath je einen besonderen Kaplan (Vikar). Die französiche Revolution und Inversion der Rheinlande brachte auch manche Veränderung auf kirchlichem Gebiete. Nach dem von Papst Pius dem VII und Napoleon 1. geschlossenem Kontrakt wurde Trier von einem Erzbistum zu einem Suffraganbistum von Köln. In jedem Kanton wurde tunlichst nur eine Hauptpfarrei (Kantonspfarrei) belassen, während die anderen nur zu Hilfspfarreien zugelassen waren. Klöster wurden aufgehoben und als Staatseigentum erklärt und veräußert. Durch diese Neuordnung ging auch die Kaplanei Gonzerath ein, wenn auch die bestehende Kirche unberührt blieb. Unter preussischer Herrschaft wurde wieder eine Vikarie in Gonzerath errichtet. Erst im Jahre 1835 (oder 1836) wurde Gonzerath zur selbständigen Pfarrei erhoben. 1836 wurde die Pfarrstelle von dem Pfarrverwalter besetzt, der dann zum Pfarrer ernannt wurde, von da an war Gonzerath eine selbständige Pfarrei.
Von 2009 bis 2021 gehörte die Pfarrei Gonzerath zur Pfarreiengemeinschaft Monzelfeld. Ab dem 01.01.2022 ist sie als Pfarrbezirk in die Pfarrei Am Haardtkopf St. Christophorus aufgenommen worden.